在以上一些方面，多年来积累了丰富的经验，取得明显效果。但是，也还存在许多薄弱环节，需要进一步加强。主要是在审计成果运用上还不够规范，某些环节缺乏制度的保障，存在较大的随意性。解决这些问题，首先要靠完善制度。包括有些已有的制度难以落实的，需要大力强化。对被审计单位没有正当理由不执行审计决定的，应当制定更为明确的责任追究制度；对有关部门处理审计机关移送事项，也应规定更为明确、具体的切实可行的程序，对不作为、贻误时机影响了问题处理，造成损失的，应当追究责任；领导机关对审计机关依法提出的审计建议，也应当建立完备的研究采纳和答复程序，不能石沉大海。这些，都应当建立有权威、有威慑力的制度，制度一经建立就要执行，不能流于形式。
对审计发现问题的整改，特别是在被审计单位不整改的情况下，由谁来督促，谁来承担责任，长期以来一直是人大和社会各方面关注的焦点问题。在实践中，日益为各方面认可的一种做法是，在审计机关依法向被审计单位出具审计决定书、审计报告和向有关部门移送处理有关问题，并向政府以及其他有关方面报告审计结果的同时，根据管理权限的划分，各级政府责成有关部门和被审计单位认真整改，纠正存在的问题，加强管理，杜绝问题的重犯，经过一定时间的整改阶段，由政府向人大常委会作出整改情况报告。对拒不整改的，按照干部管理权限，依法追究有关人员的责任。人大依法对政府的整改工作实施监督。这种做法的效果是好的，应当继续坚持并不断加强。但是，也有一些不同的认识，认为发现问题是审计机关的职责，抓整改也是审计机关的职责，考核审计机关的工作，既要看能否发现问题，也要看整改的情况（审计决定落实率等）。对于如何进一步完善督促被审计单位整改的工作机制问题，有必要从认识上、实践上加以探讨和明确。
毫无疑问，审计机关不但要通过审计发现问题，也要通过法定程序促进问题的解决，包括对被审计单位落实审计决定和审计建议的情况进行监督检查，都是必要的。但是，需要明确的是，审计机关对审计过程和审计处理处罚的合法性、正确性负责，承担可能出现的审计风险，但是督促整改的任务不能完全由审计机关承担，未能整改的责任也不能由审计机关来承担。设定审计机关的责任，应当与其权限相对应，不能要求审计机关完成超越其权限的任务，承担超越其权限的责任。应当继续坚持和完善政府领导、主导和督促被审计单位整改的机制，在整改工作的过程中，审计机关应当依法履行职责，积极承担政府交办的有关工作，不能出现超越自身权限和能力，大包大揽，贻误整改工作的现象。可以预期，逐步走向制度化、法制化的整改机制，将是我国审计工作实现新进步的一个重要标志。
