与此相应，党内职能部门所拥有和行使的是工作职权，但如果党员权利与党内权力关系的制度安排缺失，就可能出现某些职能部门把工作职权演变为党内的政治特权，再以党的整体名义来驱使党员、限制党员权利。
由此，如何在党内选举、党内决策、党务公开、党内监督等各个方面，通过制定实行具体而明确的制度规定和程序规则，并使之具有普遍效力，来改变事实上存在的党员民主权利与党内领导权力之间的不平衡状态，以达到党员民主权利对党内权力的有效控制，是今后健全党内民主制度所要解决好的基本问题。
合理构建党内权力构架
要达到党员权利对党内权力的有效控制，必然要考虑党内的权力体制问题。党的十六大报告提出，发展党内民主要“以完善党的代表大会制度和党的委员会制度为重点，从改革体制机制入手”。积极探索实行党代表大会常任制，成为近年来引人注目的党建创新热点。
其实早在1980年代末，就已经有十多个实行党代表大会常任制的试点，如浙江省台州市椒江区党代表大会常任制坚持了下来并在努力发挥作用。从一些试点中也可看到还有需要破解的不少问题，其中一个重要问题是党内权力构架还需进一步完善。
现有的党内权力体制中，党代表大会与党委会究竟是什么关系？党代表大会实质发挥什么作用？在党内制度体系中尚未具体明确。从权力运作的客观规律看，党内需要分别设立行使决策权、执行权、监督权的机关。从党内民主原则说，党代表大会应是党内的权力机关，拥有对重大问题的决策权和对大会决策执行情况的监督权；党委会及其常委会应是执行党代表大会决议的工作领导机关，向党代表大会负责。但由于现行规定中以“领导机关”称谓模糊了党内权力机关和执行领导机关的实质区别，很容易使党委会及其常委会将执行大会决议、处理日常工作的具体问题决策权与党代表大会对重大问题的决策权混为一体，实际代行了党代表大会才有权行使的决策权。
同时，目前的党内制度设计还没有完全解决党的纪检委受制于地方同级党委会主要领导人的问题，党内决策权、执行权、监督权事实上“三权合一”于党委会。而许多地方在工作中实行所谓“一把手负责”制，党委书记权重过大，党委会权力趋向于集中到书记手里。
党内权力关系如果出现倒置或权力配置的严重失衡，就会形成党内权力结构的集权特性，一方面使得主要领导干部手中权力过大而很容易越权滥权，另一方面造成权力限制的失缺，党代表大会对党委会的监督权虚化，党委会内委员难以监督书记，同级纪检委难以监督同级党委会，党员更无能力监督制约主要领导干部。
