政府所属医疗机构治理结构设计的指导思想是：选择适合我国国情和政府所属医疗机构实际需要的治理模式，使政府所属医疗机构能尽快达到城镇医疗卫生管理体制改革的要求。
政府所属医疗机构治理结构可考虑分为四个层次，即（１）出资人机构；（２）董事与董事会及所属的委员会；（３）监事及监事会；（４）以院长或总经理（或ＣＥＯ，以下简称总经理）为首的高级管理层（或执行委员会）。
政府所属医疗机构治理结构的目标和机制是在上述四个层面形成既协调又相互制衡、权责利一致的高效领导体制。一般是指：（１）董事会科学的决策机制；（２）监事会对董事会和高级管理层、董事会对高级管理层有效的监督机制；（３）董事会对高级管理层合理的激励机制。
完善的政府所属医疗机构治理结构应遵循以下三条原则：（１）出资人（国资委）与董事会之间需要建立完善的信任托管关系；（２）董事会与高级管理层之间需要建立完善的委托代理关系；（３）董事会、监事会和高级管理层要建立相互制衡关系。
一、董事会制度是政府所属医疗机构治理结构的核心
无论是从现代公司治理结构的规范来看，还是从我国政府所属医疗机构治理结构完善的角度出发，建立和完善董事会制度是政府所属医疗机构治理结构的核心。由于公司法存在两大体系，国际上普遍采用的作为公司治理结构核心的董事会制度也就出现了单层制和双层制两大模式。
单层制模式，也叫一元制模式，董事会集执行职能与监管职能于一身，其中监督职能在很大程度上是通过独立董事制度来实现的。
双层制模式，也叫二元制模式，这种模式同一元制的主要区别在于执行职能和监督职能是分开的，董事会负责执行职能，监事会负责监督职能。双层制模式有二种变形：垂直式和水平式。垂直式双层制模式，即监事会在上，由股东代表和职工代表组成，主要发挥的是监督董事会的作用；董事会在下，主要由执行董事组成，实际发挥的是执行董事会的作用。水平式双层制模式，即监事会和董事会是平行的，都对出资人和股东代表大会负责。监事会主要行使监督执行董事和高级管理层的作用，而董事会则主要发挥执行的作用。
为了能对政府所属医疗机构改善治理起推动作用，有利于政府所属医疗机构改制后治理结构调整的平稳过渡，董事会宜采取水平式双层制模式，即监事会和董事会是平行的，都对出资人和股东代表大会负责。
(一)董事分类与董事会的构成
针对政府所属医疗机构治理结构的特点，结合企业在改制过程中的经验，董事应作如下分类：
