政府所属医疗机构董事会下设三个非常设委员会：
1.战略决策委员会。主要由非执行董事、独立董事、执行董事并吸收不固定的专业知名专家组成，由董事长任主任。其主要职责权限为：研究制定医疗机构中长期发展战略、重大投融资项目及决策；研究制定医疗机构风险管理战略和政策；审议年度预算和决算，并对上述内容的落实情况实施检查。战略决策委员会每年召开的定期会议应不少于两次，非定期会议若干次。
2.审计委员会。由非执行董事和独立董事组成，并由独立董事担任召集人。主要是加强对医疗机构高级管理层及财务的审计与监督。其主要职责为：提议聘请或更换外部审计机构；监督医疗机构的内部审计制度及其实施；负责内部审计与外部审计之间的沟通；审核医疗机构的财务信息及其披露情况；审查医疗机构的内控制度。
3.薪酬委员会。由非执行董事和独立董事组成，并由独立董事担任召集人。其主要职责为：审议医疗机构的薪酬激励制度，制定执行董事和高级管理层业绩考核标准与薪酬方案，并直接参与对高级管理层年度经营业绩的评定。
上述三个专门委员会的成员主要由董事组成，其中审计委员会、薪酬与考核委员会中独立董事应占多数并担任召集人，审计委员会中至少应有一名独立董事是会计专业人士。各专门委员会对董事会负责，提交议案供董事会审查决定。
二、董事会和总经理的责任及关系
董事会和总经理的关系，从职责上看，前者承担战略决策或监控责任和财务、财产监控责任，后者承担战略制定及实施、负责医疗机构日常管理责任；从法律上看二者关系是委托代理关系，有制衡的一面，亦有分工合作的一面。
总经理的任免应由董事会决定。在政府所属医疗机构进行董事会试点的初期可采取在董事会任免总经理前先向国资机构报告、备案，或国资机构可以推荐但要接受董事会评估认可等过渡办法。实行这种制度要与“党管干部”原则相协调，做好党对干部的政治把关。探索适于医疗机构经营者人事管理制度是党的既定方针；“政治关”只要原则透明应不难把握；董事会决策总经理人选时要对候选人进行选考，有个过程，结合这个过程，可以解决好“政治关”问题。只要积极探索，政府所属医疗机构由董事会决定总经理的制度是可以建立起来的。
董事会建立后，政府所属医疗机构的总经理和董事长以逐步分开为宜。当董事长和总经理由一人兼任时，董事会内应有较多较强的外部董事，特别是独立董事。总经理的薪酬亦应由董事会决定。
