事实上，陈水扁当局无论是“申请入联”，还是推动举办“入联公投”，都是图谋改变大陆和台湾同属一个中国的现状，走向“台独”的重要步骤。是为对内推动“台独制宪”，对外谋求国际社会承认创造条件。所谓的“入联公投”，其实质是假“入联”、真“台独”的政治伎俩。而究其根源，则是陈水扁主导的民进党为赢得2008年政党选举中的胜利，挽救陈水扁个人的政治命运和身家性命的孤注一掷。正如国务院台办负责人所言，陈水扁是为了一己、一党之私，全然置2300万台湾同胞的利益于不顾，所进行的“台独”冒险，是对包括台湾同胞在内的13亿中国人民的肆意挑衅。
3、“入联公投”的特点分析
①“公投”与“台独”紧密相连
“台独”分子视“公投”为其实现“台湾独立”的有效途径。从其政治诉求到民进党的行动纲领，无不表达其“法理台独”的良苦用心。1991年10月的民进党“台独党纲”就将“公投”与“建立台湾共和国”联姻。其《台湾前途决议文》也主张：台湾应尽速完成公民投票的法制化工程，以落实直接民权，并于必要时借以凝聚国民共识，表达全民意志。
②“公投”使“台独”“合法化”
台湾当局利用民众追求民主的心态，把“统独”问题转化为自由民主问题，用“公民投票”方式决定“台湾前途，命运，现状”致使不少岛内民众为少数政客所利用，使“台独”披上了“合法化”的外衣。
③“公投”成为选举和政党斗争的工具
陈水扁为了赢得选举，把“公投”当选战工具。并把“公投”和“总统选举”捆绑进行。同时，因“公投”所引发的统独矛盾和两岸对立，也将起到转移岛内民众视线、掩盖和淡化自己上台“执政”无能、经济建设失败的事实。
