当亚当斯从华盛顿手里接过政府工作时，他所坚持的温和策略是当时所迫切需要的。英法战争给美国在公海上造成很大的困难，并加剧了美国国内党派之争。在华盛顿即将离职的时候，杰斐逊写道，“正当气泡快胀破的时候，总统幸运地下了台，把包袱扔给了别人”。虽然亚当斯作了一个温和的就职演说，保证继续奉行华盛顿的政策，但汉密尔顿还嫌他太迁就杰斐逊派；杰斐逊派的态度则变得越来越敌对(说明：杰斐逊派或杰斐逊主张是指中央政府之管制尽量减少，个人权力不可侵犯，并坚持农业经济和社会的优越性。到1792年杰斐逊的追随者自称为“共和党人”，但是今日的共和党则创建于19世纪50年代。)
新政权的注意力集中于法国；法国的统治集团(这里指1795--1799年间)统治法国的五人执政团)曾拒绝接待美国的使节，并且中止贸易关系。亚当斯召集议会特别会议，指出这种情况实际上就是战争的危机已经到来了。他建议武装商船，迅速建立一支海军，必要时还要征募一支较大的军队。国会中的共和党人将这些建议打了折扣，只批准建造三艘快速战舰，必要时可出动8万名后备部队，并且只武装那些在东印度群岛或地中海贸易的商船。亚当斯派了三名专员去法国，但是1798年春天传来这样的消息：如果他们不先送一份丰厚的私礼，法国外交部长塔利兰德和法国统治集团就拒绝同他们协商，亚当斯把这种侮辱行为向国会报告，参议院印发了这份报告，在印件中以“X、Y、Z”来代替所点到的法国人。全国顷刻爆发了杰斐逊所称的“X、Y、Z”热潮，而由于亚当斯的鼓动，这种热潮更加剧了。他指出，“在战争和向法国投降之间没有其他的选择余地”。总统不管在什么地方出现，群众总是欢呼，连嗓子都喊哑了。联邦党人还从来没有受到这样的欢迎。国会拨款建造那三艘快速战舰和另外的舰只，并且批准召募一支军队。
亚当斯总统并不主张宣战，但是敌对行动已在海上开始。起初，美国船只在几乎毫无自卫准备的情况下抵抗法国的武装民船。但是到了1800年，美国武装商船和战舰就扫清了海路。最有名的那个舰队的船只至今还保存着。“宪法号”--“它的甲板曾被英雄们的鲜血染红”--现在还在波士顿海军广场上展出。“老铁甲军号”也不单是陈列在博物馆里，它仍然被列为美国海军的现役船只。
美国虽然在海战中取得了几次辉煌胜利，但约翰·亚当斯看到了战争热潮逐渐减退。在采取保卫性措施的同时，联邦党人的政府已经通过了<外籍法>和<惩治煽乱法>，其目的是想把外国代理人赶出美国，并且打退当时共和党部分报纸的编辑们的攻击。严厉的起诉使得共和党几个编辑遭受折磨而牺牲，从而统一了共和党内的思想。美国由于在这次危机中付出很高代价，几乎相当于1796年到1800年间联邦预算的两倍速，因而此后便不得不征收那不得人心的重税。不久，约翰·亚当斯总统经过深思熟虑，决定缓和战争局势。消息传来，法国也不想打仗了，并且愿意以礼接待美国新使节。于是双方经过谈判，结束了这场准战争。汉密尔顿及其追随者对约翰·亚当斯总统派遣和谈使团表示极大的愤怒。在1800年的大选中，共和党人是团结的，也是有实力的，而联邦党人却严重地分裂了。尽管如此，约翰·亚当斯所得到的选举人票只比当选总统的杰斐逊少八票。就在大选之前--1800年11月1日---约翰·亚当斯到达新首都，住进白宫。在他进入这潮湿而未完工的房间的第二个晚上，他写信给妻子说：“在我写完这封信之前，我向上帝祈祷赐福给这所房子以及今后所有住在这里的人。但愿在这个屋顶下治理国家的都是忠诚而有智慧的人!”
约翰·亚当斯退休后回到他在昆西的农场，多年来一直住在被称为“老房子”的宅邸。现在那所房子已成为国家的历史古迹。1826年7月4日90岁高龄的约翰·亚当斯在这所房子里声音微弱地说了最后几字：“托马斯·杰斐逊还活着。”殊不知杰斐逊就在约翰·亚当斯去世前几个小时已经死于蒙蒂塞洛了。美国人民为他们在同一天里---独立宣言50周年纪念日---失去了两位最伟大的开国元老而感到震惊不安。
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