我们许多政府机构还是在计划体制下建立起来的，它们的职能还没有得到根本性转换，还不善于通过法律和制度安排管理社会经济生活和保持宏观经济的稳定，要学会用市场经济的办法来管理经济。
体制问题牵涉人们利益关系结构巨大的改变，由此产生各种阻力形成的关口只能通过加快改革进行突破，吴敬琏认为推进改革的最大障碍还在于既得利益的障碍。只要改革的目标清晰，内容明确，路径和步骤也比较容易设计。
在党的十五大以后，吴敬琏课题组完成了关于国有企业进行战略性重组的总体方案设计，按照这一方案，中央政府开始将四十多万国有企业进行改组。吴敬琏不仅是一位企业组织和企业管理的理论家，而且是一位精明的实践者，吴敬琏是中国石油天然气股份有限公司，中国联通股份有限公司等国有控股公司独立非执行董事，也是许多民营企业家的诤友和顾问。
为了开启中国经济的亮点，1988年6月30日——7月8日，在全国经济不景气的情况下，吴敬琏到浙江南部温州、义乌、台州、绍兴地区进行考察，发现那里市场繁荣、增长强劲、就业状况良好、社会稳定。吴敬琏认为温州经济亮点的秘密在于非国有企业具有很强的活力，在全国率先形成多种所有制共同发展的格局。吴敬琏给朱镕基总理写了一封信，提出发展民营中小企业的建议，有关建议被政府有关方面吸收到政策文件之中，为制定有关政策提供了有力的理论推动。吴敬琏认为：积极发展民营中小企业，是在全国形成或大或小的“经济增长极”，他们投资和扩张活动所创造的需求，将拉动自身生产的进一步扩张和其他地区的经济复苏，形成供给和需求相互拉动的良性循环，这样国民经济这盘棋就能全局皆活。与此同时，中小企业是吸收消化劳动力的好途径，为国有企业下岗职工分流和农村剩余劳动力转移提供了广阔的天地，从而有利于改革。
吴敬琏认为：开启中国经济的另一个亮点是发展高技术产业，推进技术进步和高技术产业发展的强大动力是建立起有利于高技术及相关产业发展的经济和社会制度。高技术产业和传统产业的最大区别在于它建立在知识的基础上，主要特点在于人力资本对高技术产业的发展起决定作用。因此，要使高技术产业更好更快发展，因此要建立必要的组织制度和其他社会文化条件，“制度重于技术”，建立有利创新的融资机制，这是赶超世界科技潮流的根本之道。
2000年2月26日，国务院发展研究中心市场经济研究所举办“中国经济改革回顾与展望——吴敬琏教授从事经济研究50周年研讨会”100多位海内外知名经济学家、官员和企业家出席，盛况空前。于光远、刘国光、高尚全、董辅、茅于轼等著名经济学家以及国务院发展研究中心主任王梦奎，党组书记陈清泰、中共中央委员、社科院副院长王洛林、证监会主席周小川、中国人民银行副行长吴晓灵、财政部副部长楼继伟、及张瑞敏、柳传志等众多嘉宾用真挚感人的语言，高度评价吴敬琏在经济学理论和政策研究方面所做出的杰出贡献，对吴敬琏不同凡响的人格魅力表示敬意。
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