于谦的“两袖清风”，引起贵宠官僚的不满，把持朝政的太监王振更是气急败坏。正统十一年（1446年），王振虚构了一个“久未升迁，心怀不满”的罪名，把于谦送交三法司，判处死刑。山西和河南的百姓听说后，数万人自动联合起来，到京请愿，就连封地在河南、山西的周王和晋王等朱姓藩王也上书替于谦申冤。朝廷看到众怒难犯，只好命于谦仍回原任。
如果不是“土木之变”爆发，于谦也许终其一生，都只是明朝一个兢兢业业的官僚而已。这场事变将于谦推上了政治前台，做出了非常事业。
北京保卫战临危受命
正统十四年(1449年)七月，蒙古族瓦剌部首领也先率铁骑大举南下，年轻气盛的明英宗，在王振等人的唆使下贸然出征。八月十五日，明军被蒙古兵团团包围在土木堡（今河北怀来县沙城镇），十几万明军被歼，就连英宗也做了俘虏。这场形如儿戏的御驾亲征和突如其来的变故，被后来的历史学家称为“土木之变”。
“土木之变”把明王朝推向生死存亡的边缘。也先大军挟新胜余威，欲乘胜追击，拿下北京城，再现昔日元帝国的辉煌。而明朝一方，英宗亲征时已将京畿大军悉数带出，导致京城防备空虚。此时人心大乱，许多富家大户收拾财物、携带家眷，纷纷南逃。
英宗被俘的消息传到皇宫，皇太后和皇后将宫内的金银珠宝搜罗一空，整整装了八辆马车，派人送到也先大营，希望能换回英宗；朝廷上，文武百官六神无主，束手无策。侍讲徐跳出来说，据他观察天象，只有放弃北京，迁都南京才能保全性命，一些官员也随声附和。临时听政的皇太后和英宗弟弟王听后都不知所措。这时，于谦厉声喝道：“主张南迁的，该杀！京师是天下根本，迁都只能使人心和士气涣散，国家也就彻底完了。大家难道忘记南宋的教训了吗？”于谦纵论当时形势，鼓励大家同仇敌忾，击退来犯之敌。于谦的建议得到皇太后和一批正义之士的支持，遂被任命为兵部尚书，组织北京保卫战。
国难当头，首要问题是安定人心。朝臣们平时受够了宦官的窝囊气，把土木堡惨败的原因归结到宦官王振身上，要求将王振诛灭九族。王振的党羽马顺当朝呵斥官员，激起百官强烈不满，他们一哄而上，将马顺活活打死。随后，百官又在宫内寻找王振的党徒，追打撕扯，一片混乱。监国王生性软弱，见此阵势，惊惶失措。于谦一面阻止官员群殴，一面拦住王，让他宣布马顺等人死罪，赦免参与殴斗的官员，惩治祸国殃民的宦官。王一一答应，混乱才得以平息。于谦这时发现，自己的官袍在混战中已被扯破了。
