但刘基毕竟是开国元勋，朱元璋没有一下子做绝。仅仅三个月之后，刘基又被召回了京城。洪武三年(1370年)，朱元璋大封功臣。刘基被封为诚意伯。微妙的是，此时的朱元璋对刘基不再是言听计从了。例如，朱元璋对李善长不满，想换杨宪、汪广洋或胡惟庸为相，咨询刘基的意见。刘基据实情指出了各人的缺点，认为三人都不宜为相。然而，朱元璋后来却将杨宪、汪广洋、胡惟庸先后起用为相。刘基所说的一番话，传到三人耳朵里，明摆着是得罪人。可见，刘基在明朝建国之后的生活，过得非常压抑。
刘基年轻时所写的诗，抑扬顿挫，豪气非常，使人读了跃跃欲试。但功成名就后，反而屡屡哀叹穷病衰老，昔日的豪气荡然无存。设身处地一想，也很容易了解他的难言之隐。想当年他同朱元璋一块起义，老谋深算，运筹帷幄，大策方略多是他一人擘划。那时如果分道扬镳，收纳一班豪杰，自己干去，当日的宇中，真不知是谁的天下？可恨费尽了心血，都为他人做了嫁衣，好容易造反成功了，大明帝国成立了，自己得到的是什么？不过是一个诚意伯的虚头衔，一些金玉粟帛的零星赏赐罢了。比之朱元璋的富有四海，南面而王，生杀予夺，集于一身，何尝不是天壤之别。加之，朱元璋猜忌嗜杀，屡兴大狱，少者牵连几千人，多者累万。眼看着身边的故朋旧友，杀的杀，族的族，流的流，说不定哪一日就会杀到自己的头上来！自己又是功高震主的人，走了不好，不走也不好。有时朱元璋高兴了，钟山宸游，禁宫夜宴，自己又不能不暗拭眼泪，强陪笑脸，侍宴吟诗，前去凑趣。此中难言之痛，想来很少人能知道吧！
碰上朱元璋这样的猜忌之主，归乡隐居，安享晚年，对刘基来说也成了奢望。刘基意识到自己直言敢谏，得罪了许多人，因此想从官场及早抽身，回乡过安逸清闲的生活，免遭不测之祸，多次上书请求告老回乡。洪武四年，刘基回到故里。在乡间，他谢绝一切官府往来，每日只是饮酒弈棋、读书吟诗，从不谈论过去功绩。但他终究还是逃脱不了厄运。洪武六年(1373年)，胡惟庸出任丞相，他对刘基不荐举自己为相怀恨在心，于是在皇上面前诬陷刘基，说他在家乡谋占了一块有王气之地作自己的墓地，图谋不轨。朱元璋最忌讳的就是有人篡位，于是革掉了刘基的俸禄，准备严加查办。
老迈的刘基吓得从家乡星夜兼程来到南京，再不敢回家乡。抑郁惊恐成疾，胡惟庸派医生诊治。服过药后，却觉腹中郁结，估计也是遭了胡惟庸的毒手。一直到病得实在不行，朱元璋才一纸赐文，送刘基回乡。洪武八年(1375年)四月十六日，刘基卒于家中。据说，死前遗命锉骨扬灰，恐是无稽之谈，实际上他是被葬于其乡夏山上。
后人有谒刘基墓诗，“卧龙名大终黄土”。再英武的谋略之士，终究逃不脱黄土一抔的命运，空留下旷世奇功、诗文美名和数不尽的神话传说，供后人品味。
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