（三）调整政府机构设置，进一步优化政府组织机构。改革开放以来，我国先后进行了五次较大规模的政府机构改革。2003年，根据完善社会主义市场经济体制和转变政府职能的要求，对政府机构进行了必要的调整，进一步理顺了部门之间的职责分工。这次机构调整的重点是，进一步完善宏观调控体制、金融监管体制和国有资产管理体制，统一内外贸管理体制，健全食品安全和安全生产监管体制。这是第五次机构改革，经过改革，除国务院办公厅外，国务院组成部门设置28个，比1998年第四次机构改革后的国务院组成部门减少1个。这次机构改革的特点是：改革的方向与完善社会主义市场经济体制的要求相一致；改革与政府职能转变和调整紧密结合，特别是体现了党的十六大提出的政府履行四项基本职能的精神。2007年10月召开的党的十七大明确提出加快行政管理体制改革，并要求推进政府机构改革，加快建立职能有机统一的大部门体制。2008年2月召开的党的十七届二中全会审议通过了《关于深化行政管理体制改革的意见》和《国务院机构改革方案（草案）》。其中，机构改革方案草案经十一届全国人大一次会议审议通过后组织实施，标志着新一轮政府机构改革推开。
（四）贯彻实施行政许可法，深化行政审批制度改革。2003年8月27日，十届全国人大常委会第四次会议通过《中华人民共和国行政许可法》，并已于2004年7月1日起开始施行。这是继国家赔偿法、行政处罚法、行政复议法后又一部规范政府行为的重要法律，对于保护公民、法人和其他组织的合法权益，进一步推进行政审批制度改革，从源头上预防和治理腐败，保障和监督行政机关有效实施行政管理，具有十分重要的意义。几年来，各级政府认真贯彻实施行政许可法，行政审批制度改革取得新进展。一是较大幅度削减行政审批项目的数量。国务院有关部门和单位原来共有行政审批项目3605项。2002年10月、2003年2月、2004年5月，国务院部门分三批取消和调整行政审批项目1806项。2007年9月，国务院部门第四批再取消和调整186项行政审批项目，其中取消行政审批项目128项，调整行政审批项目58项。截至2007年底，国务院部门分四批取消、调整行政审批项目1994项（本届国务院两批取消、调整683项），减幅达到55.3％。国务院部门尚保留审批项目1611项，加上行政许可法实施后依法定程序新设的72项审批项目，共有行政审批项目1683项。与此同时，各省、自治区、直辖市行政审批制度改革也取得了重要进展，取消、调整的审批项目达到22000项，均占到总数的一半以上。各省级政府和58个国务院部门共清理行政许可依据25554件，废止3981件，修改2493件；清理行政许可实施主体2389个，保留1932个，取消302个，调整71个。二是投资审批制度改革不断深入。2004年7月国务院颁布《关于投资体制改革的决定》，对确立企业的投资主体地位、规范政府投资行为、加强和改善投资的宏观调控等提出了明确要求。《企业投资项目核准办法》、《外商投资项目核准办法》、《境外投资项目核准办法》等配套文件相继出台，绝大部分省级政府出台了核准和备案管理办法，核准和备案的体制框架基本建立。三是加强审批项目取消和调整的后续监管。针对一些审批项目取消和调整后可能出现的问题，国务院各部门加强了审批项目取消和调整的后续监管。对取消审批后能够通过市场机制解决的事项，如经营性土地使用权出让、建设工程承包、政府采购和产权交易等，采取拍卖、招标投标等市场运作方式，同时加强对市场活动的监管。对可以由企业自主决定的事项，指导企业建立现代企业制度，完善法人治理结构，落实企业经营自主权，实现对企业的间接监督管理。对应由统一的管理规范和强制性标准取代个案审批的事项，制订了相应的管理规范和标准，并组织实施。对转为日常监管的事项，采取事中检查、事后稽查处罚等办法，加大监管力度。对不再实施审批，转由行业组织或社会中介组织自律管理的事项，积极做好移交工作。不少省（区、市）也对保留的审批事项，建立健全审批公示、服务承诺、社会听证、专家咨询论证、责任追究等制度，加强监督制约，规范审批行为。例如，广东、深圳、苏州等一些地方在规范行政审批程序和条件的基础上，在全国率先建立了行政审批电子监察系统，对行政审批项目的受理、承办、批准、办结和告知等环节进行全程监督，及时发现和纠正违规和不当审批行为。有些地方还成立了行政投诉中心。四是推进行政审批法制建设步伐。国务院审改领导小组及其办公室近年先后制订印发了《关于行政审批制度改革工作的实施意见》、《关于贯彻行政审批制度改革的五项原则需要把握的几个问题》、《关于搞好行政审批项目审核和处理工作的意见》、《关于搞好已调整行政审批项目后续工作的意见》、《关于进一步推进省级政府行政审批制度改革的意见》、《关于认真贯彻〈行政许可法〉进一步做好行政审批项目清理和处理工作的通知》等近30个政策文件，明确了改革的指导原则、基本思路、工作目标和方法步骤，对涉及的重要问题提出了具体解决办法，在改革进程中发挥了重要的指导和规范作用。通过取消和调整审批项目，推动了政府职能转变；更新了管理理念，创新了管理方式，提高了政府的行政能力和管理水平；遏制了利用审批乱收费、滥用审批权力等侵害群众利益的行为，为人民群众提供了优质高效的服务。
