从1996年发布《中央机构编制委员会关于事业单位机构改革若干问题的意见》提出分类推进事业单位改革算起，这项改革至今已历10年多。应该说，经过各地区、各部门的艰苦探索，事业单位改革的基本思路逐步清晰，分类改革取得积极进展，试点工作和各项配套改革稳步推进，取得了阶段性成果。但总体上看，事业单位改革仍然滞后于经济管理体制改革和行政管理体制改革，应当是全面深化改革、完善社会主义市场经济体制的一个“重头戏”。
目前，全国共有事业单位120多万个，从业人员2900多万名，聚集了全国2/3以上的专业技术人才，形成了数以万亿计的国有资产，年度经费支出占国家财政支出的1/2以上（有的地方占到80％）。这些数据表明，事业单位改革事关重大，必须瞻前顾后、谨慎从事。深化事业单位改革，需要继续在以下方面迈出实质性步伐。
第一，继续推进分类改革，进一步“纯化”事业单位。现行事业单位管理体制中存在的最大问题，仍然是功能定位不清，政事不分，事企不分。多数事业单位直接和间接隶属于行政机构，有的直接承担行政职能，有的直接面向市场从事生产经营活动，这两方面均偏离了事业单位提供公共产品和服务的功能定位，偏离了公益目标。现在，我们已经明确事业单位分类改革的根本方向，就是要根据现有事业单位的社会功能，将其划分为承担行政职能的、从事生产经营活动的、从事公益服务的三大类。据此，该属政府的要回归政府，该属企业的要转制为企业，这就是“纯化”事业单位的过程。经过“纯化”，大约会有20％的单位会从现有事业单位队伍中分离出去，应该不会对现有事业单位总体格局产生重大影响，但却有助于从根本上明确事业单位的功能定位。这项工作是深化改革关键的第一步，宜坚定不移、加大步伐，越早完成越好。当然，在实际操作中分类工作难度很大：一是不少事业单位职能混杂、行政模糊，各方面的认识也不尽一致；二是向政府回归受行政编制限制，向企业转制则涉及职工利益调整，这两方面都会遇到一些困难。
第二，深刻转变政府职能，实行政事分开、管办分离。长期以来，我国社会事业发展实行的是政府出资建设、政府统一管理的体制，各级政府行政主管部门具有双重身份：既是实施全行业监督管理的行政管理者，又是举办各类社会事业单位的出资人，行政主管部门既“管”又“办”，容易造成政府职能“越位”、“缺位”问题。这种体制的弊端是显而易见的：一方面行政主管部门专注于管理自身举办的各类事业单位，而疏于对全社会、全行业公共产品生产和供给的管理，往往偏袒下属事业单位的利益，排斥甚至压制其他社会力量参与社会事业的发展；另一方面由于行政主管部门集中了下属事业单位的“人财物”大权于一身，客观上也不利于事业单位自主运行、自我发展和内部机制活力的焕发。转变政府社会事业管理职能的重点：一是实现政府职能“归位”，让政府“做该做的事”。凡不应由政府提供的服务均应从现有事业单位剥离，交给社会去做。二是将政府职能部门“管行业”与“办事业”的职能分开，即“管办分离”。政府职能部门应与所属事业单位脱钩，并在今后不再举办公益类事业单位，不再直接参与事业单位人、财、物的具体管理，只承担依法对全社会事业单位的行业监管，集中精力抓好规划布局、政策导向、质量监控、业务指导、监督执法、购买公共服务、营造发展环境等事项。例如，上海市、无锡市、北京市海淀区等地在教育、卫生、文化等公共服务领域进行的“管办分离”探索就比较成功。
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