一九六０年，他以筆名「柏楊」在《自立晚報》擔任〈倚夢閒話〉專欄的作家，嚴厲批判當時的社會狀況。一九六一年起，他在《自立晚報》以「鄧克保」為筆名發表《異域》，以報導文學的手法，描寫一支國民黨孤軍，流亡到滇緬邊區，一方面與命運搏鬥，一方面仍懷「反攻大陸」夢想的故事，暢銷達百萬冊，並被改編成電影，不僅開創了報導文學的新體例，也是一部另類而成功的戰爭小說。
一九六七年，柏楊代班主編《中華日報》〈家庭〉版，該版每週五天刊載美國連環漫畫《大力水手》（Popeye the Sailor Man），一九六八年，一則《大力水手》漫畫，提及卜派父子流落至一個豐饒的小島、樂不思蜀，兩人並且想要各自競選總統、絞盡腦汁撰寫競選文宣，單看漫畫內容已經頗為敏感，加上柏楊又搞怪的將「Fellows」一詞翻譯成「全國軍民同胞們…」，於是遭到國民黨政府的情治單位，解釋為他在暗諷蔣介石父子，以「共產黨間諜」及「打擊國家領導中心」的罪名逮捕，判處十二年有期徒刑，一九六九年，囚禁於臺北縣景美鎮軍法監獄
，柏楊曾在獄中絕食二十一天，抗議未果，一九七二年，與台北其他政治犯，一起被解送到綠島服刑。
柏楊服刑期間經過減刑、大赦…等，刑期略為縮短，但好不容易捱到刑滿，仍被留置於綠島，後來是因為國際特赦組織…等人權團體的要求，他才得以被釋放，總共在牢裡渡過九年又二十六天。
在獄中，柏楊完成了《中國人史綱》、《中國歷代帝王皇后親王公主世系錄》、《中國歷史年表》三部書稿。原本還有第四部《中國歷代官制》，但因為參考書被官員搜去保管，所以只寫了一半。
出獄後柏楊專事寫作，一九七八年，他與女詩人張香華結婚，強調人權與生命自由的婚姻宣言，讓外界引為美談，廣泛流傳。由於兩人志趣相投，柏楊因為張香華的全力支持，躍入寫作質量的巔峰階段，此外，張香華的浪漫與美學，無形中也影響了柏楊的寫作風格，讓柏楊的作品在嚴厲的評斷、冷靜的譏刺之外，融入更多溫馨與感性的元素。
