经费预算中存在的风险
实施信息化系统不仅仅是购买一套软件，也不是简单实施一套先进的管理方法，他是企业发展的重大投资项目，需要投入巨大的资金、人力物力，并且投入时间长，投资风险大。所以，企业在准备启用信息化系统之前，必须理智的进行投资决策分析。例如，企业是不是到了该应用信息化系统的阶段，信息化系统带给企业的收益分析，信息化系统总体成本的投资预算，信息化系统的投资回报率（ROI）或投资效益分析等，这些问题必须先弄清楚，否则会给以后的实施与应用带来很大的偏差。
信息化项目投资弹性大并且经费的估计比较软性，资金的风险也需要特殊考虑。另外外部环境的变化也会对资金的需求产生一些预定计划之外的风险。信息化实施过程中需要投入较大的成本，实际资金支出往往远远超出当初的预算。咨询、维护、调整、升级等许多意想不到的开支往往使成本急剧增加，因此应有很好的成本控制计划。软件使用许可证的一次性费用约为几百万元人民币甚至过千万，每年的软件支持维护费在几十万元，一些品牌软件系统的维护费用是按照发达国家的人工和服务费标准收取的。支持系统运行的硬件投入和人员费用也是很大的。很多企业在支出过大而效益又不明显的情况下，只能后悔或放弃一些信息化的项目。
业务流程进行重组存在的风险
在信息化的过程中，自然地要对企业的业务流程进行重组。当企业实施业务流程重组时，必然牵涉到岗位调整、职位变动、权限更改等一系列组织架构重组的热点问题。这使得BPR（业务流程重组）实施的难度大增。比如国内某南方化工集团，在长达两年的业务流程重组过程中，多数时间花在了人事安排和调整上，并天真地认为只要人的问题解决了，BPR就基本实施完毕。其实这严重违背了BPR的核心理念——通过把大家的注意力聚焦到流程改造上来，用基于流程的绩效管理体系做到人员到位；而不应当靠“息事宁人”或化解人事矛盾来重组流程。客户流程、生产流程、研发流程、人力资本流程、信息汇集和分析流程、财务报告流程等多方面的重组不可能通过调整班子实现毕其功于一役。
系统的成熟、先进的业务流程模板值得借鉴。但是业务流程的重组牵涉到人员的变动、权力的重新分配、组织机构的改变，会触动某些人的既得利益，形成很大的阻力。没有充分的思想准备和物质准备，往往由于可能造成企业不愿或不能承担的损失，会迫使领导者半途止步，保留原有低效但运作平稳的流程。实施信息化系统不是一个简单的更新软件系统的事情，而是对企业的重新定位以及业务重组的事情。
各层之间的沟通存在的风险
