MBR中主要的操作条件包括曝气量、膜通量、操作压力、HRT、SRT、污泥浓度、pH值和温度等。曝气不仅能为好氧微生物提供充足的生长繁殖所需的氧气，同时还能够改善MBR中的水力条件，形成水力剪切力来冲刷膜表面的污泥层，从而能够一定程度上缓解膜污染。大量实验研究表明增大曝气量能够减缓MBR中膜污染的形成。在污泥颗粒靠近膜面的过程中，污泥颗粒同时受到水力剪切力、重力，惯性升力，渗透曳力以及布朗扩散力(很小可被忽略)等的作用。对于一个具有恒定通量的特定MBR系统而言，某单个污泥颗粒所
受到的重力，惯性升力以及渗透曳力都是恒定不变的，而剪切力的大小和方向则主要受水利条件的影响和控制。对于已经粘附到膜表面的污泥颗粒曝气产生的水力剪切力可以扰动滤饼层，使粘附的污泥从膜的表面脱落下来。因此，提高MBR系统中的水利条件能够增大污泥颗粒受到的剪切力，从而有效地控制膜污染的形成。然而，曝气强度也不是越大越好，过强的曝气强度在冲刷膜面滤饼层的同时也会打散污泥颗粒，使得悬浮颗粒粒径变小更容易堵塞膜孔，同时产生更多的EPS释放出来加剧了膜污染。所以曝气强度存在一个阈值，在MBR运行过程当中，应控制曝气强度低于该阈值。在MBR中往往采用膜通量低于膜临界通量来控制膜污染。研究发现，在临界膜通量以下运行MBR，膜污染速率相对比较缓慢，污染程度也比较低。但是，如果在临界膜通量的条件下运行MBR，那么TMP会迅速增大。
污泥停留时间是指MBR中微生物全部更新一次所需的时间，是影响MBR膜污染的一个重要参数。不恰当的SRT的，能够使MBR中EPS的浓度增加，跨膜压力差增大，加重膜的污染。Ahmed等比较了SRT分别为20、40、60和100天的条件下MBR的污染状况，发现在整个试验阶段，SRT从100天到20天，EPS浓度逐渐增加，跨膜压显著增大，膜污染逐渐加重。水力停留时间(HRT)是指污水在MBR中的平均停留时间。Meng比较了HRT分别为4．5 h、6．8h、10．12h时MBR中微生物的特性与膜的过滤性能，发现在卸RT为4．5 h时，系统对COD的去除效果最差，丝状菌繁殖最为严重，膜污染现象也最为严重。此外，间歇性的抽吸也可以有效的控制膜污染。当MBR系统停止抽吸时，TMP消失，膜面的污泥层会变得疏松，膜面污染物的反向扩散会加强，此时在水力剪切力的作用下膜面污染物更容易被冲刷下来从而减缓膜污染。但是停抽时间也不是越长越好，过长的停抽时间会影响MBR的出水量，增大运行的成本。围绕影响膜污染的各个因素和膜污染的机理，可以提出一系列的膜污染控制策略。影响膜污染的因素有很多，针对各个因素，相应的膜污染的控制策略也有很多。在实际操作中往往不是简单的采用某一种膜污染控制策略，而是综合运用多种手段，从而达到控制膜污染的目的。
