（１）微生物污染普遍存在．首先，绝大多数水体都含有微生物，虽然预处理能去除大部分的微生物，但彻底清除却十分困难．其次，微生物具有可驯化性，对环境的适应性强，水体中的微生物一旦粘附于膜表面，便能迅速适应膜表面水环境，造成不可逆粘附．最后，微生物繁殖速度呈指数增长，能够在短时间内迅速繁殖遍布整个膜表面．因此，在反渗透膜海水淡化应用中，人们虽然在防治微生物污染方面做了很多工作（包括预处理、杀菌剂、膜改性等），但膜微生物污染依然伴随膜应用而存在．
（２）微生物污染不可逆．膜污染一旦形成，其膜表面便会形成一层生物膜．生物膜主要由胞外聚合物（ＥＰＳ）（包括多糖、蛋白质等）包裹菌体而成．生物膜与反渗透膜主要以氢键等连接，大量的结合位点及ＥＰＳ包裹菌体结构，使得生物膜与反渗透膜结合非常牢固，一般的反冲洗及杀菌剂很难将其去除干净．
