与污染物质的氧化反应使得污染物质降解成易清除物质，但是微生物的选择面比较小且很容易受到外界影响，所以此法目前为止还不是一个成熟的处理方法，很少使用到。李慧星在微生物法脱色印染染料的研究中采用了微生物酶脱色法对染料废水进行处理，菌株培养到一定程度使用诱导物( 有机酸、木质素等) 使其产生锰过氧化物进而对靛蓝进行脱色处理。实验结果表明脱色率随着时间的增加而增加，在反应6h后其脱色率可达89． 74% ～ 90． 62%。
复合脱色法制药废水的处理要求越来越高，难度越来越大，为了使得其处理的更加彻底，如今的更多，这就是复合脱色法。一般而言，制药废水的处理与脱色都是一起处理的，如朱雷等人的Eu 掺杂ZnO 光催化剂降解制药废水中用水热法将醋酸锌( Zn) 和六水合硝酸铕( Eu) 制成复合纳米棒光催化材料粉体，结合氢氧化钠沉淀剂来处理废水，结果表明，水反应温度为160℃时，3%的Eu 加上ZnO 合成的复合纳米棒光催化材料效果较满意，时间为6h，波长为365nm 处紫外灯光照射时间为150min 是其脱色率达38. 8%，COD 的清除率达57． 5%。单一的废水处理也同样可以使用复合脱色法，在肖玉峰的制药废水处理中使用了水力空化技术与臭氧氧化法。水力空化技术的原理是流体的压降现像在液体外部压力低于饱和蒸汽压的条件下会演变出一系列复杂的变化，变化过程大致如下产生压降现象后，流体中的气体会发生膨胀甚至溶出，当周围压力增大时，空化泡的体积会急剧减小甚至消失，在这一瞬间所产生的超大压强会使得其产生一系列反应，实验结果表明此法对COD 的清除率为49． 95%。
