制度创新有两种类型，即主动供给型制度创新和需求诱致型制度创新。具体而言，主动供给型制度创新是由国家命令和法律从上到下强制引入实现的制度创新；需求诱致型制度创新是在现行弹性制度框架内为获得潜在利益，非国家主体从下到上主动倡导并实现的制度创新。目前，转型时期剧烈的制度变迁，在非均衡的情况下，国家一时还无法提供一个细致的整齐划一的村级组织制度，《村民委员会组织法》这一基本成文制度还富有弹性。另一方面，在利益动力机制下，非国家主体存在着强烈的创新冲动。它们可以有效配置社会智力资源，使之运用到十分适当的均衡状态。因此，在未来相当长的一段时期，国家应继续实事求是地先让各种主体进行需求诱致型制度创新，尊重群众的首创精神，然后，当发展到一定阶段，国家再介入村民自治更完整的制度供给过程，把成功的实践经验上升为法条，及时从法律上处理好村民自治的统一性和多样性的关系问题。这样有助于整套村民自治制度科学化和法制化，使村民自治沿着正确路径健康发展，逐步走向成熟。
“理想的民主不应仅仅让公民在汤姆和哈里之间选择了一个就算参与管理，而应该让他们在力所能及的范围内识别问题，提出建议，权衡各方面的证据与论点，表明概念并阐明立场，一般而论，即促进并深化思考。”今后，村民自治必须在现有基础上向纵深发展，真正落实村民的制度决定权，并理顺各种关系。这就需要各种制度创新主体齐心协力，集中注意在村民自治的框架下，针对中国农村的特殊实际，设计出富有政治技巧的村治装置。
其二，推行竞选组阁，进一步完善村委会选举制度。《村民委员会组织法》基本上确立了“海选”方式，即由本村有选举权的村民直接提名候选人。这种方式具有公开、平等、民主、透明的特点，深受广大农民的欢迎。但由于村民委员会成员都直接选举同时产生，这有可能将相互矛盾的村民一起选入村委会，或当村委会发生内部冲突时而无法得以协调，这两种情形都会影响村委会功能的发挥。因此，比较科学的方法是采用“竞选组阁制”，即村委会主任竞选产生后，村委会成员由主任进行“组阁”，村民代表会议对组阁情况进行监督，村民会议可通过选举或罢免村委会主任来行使对村委会成员的决定权。“竞选组阁制”有以下优点：一是抓住了产生村委会主任这一选举的主要环节；二是增强了村委会班子的自身凝聚力，达成了民主与集中的有机统一；三是有利于村委会班子的优化，使潜在人才得到起用；四是有效地培养了村民参政议政的能力，养成了民主的习惯。
其三，转变领导方式，从制度上确保党的核心地位。《村民委员会组织法》第三条规定：“中国共产党在农村的基层组织，按照中国共产党章程进行工作，发挥领导核心作用，依照宪法和法律，支持和保障村民直接开展自治活动，直接行使民主权利。”但农村党支部应转变领导方式，即由过去直接决定事项治理农村向通过村民代表会议按照法定程序使党支部的议案上升为村民意志来治理农村的方式转变，在组织形式上，由直接领导村委会向通用村民代表会议领导村委会转变。当村党支部与村民代表会议发生冲突时，村党支部可把议案提交村民会议讨论决定。这样不仅可以提高党支部贯彻、执行党的方针、政策的效率，密切基层党组织与村民之间的关系，而且大大加强了党支部的核心地位，理顺农村党支部与村委会的关系，保证村民自治制度健康发展和促进农村社会稳定繁荣。
其四，完善制裁手段，从法律上规范乡村之间的关系。所谓乡镇政府与村委会的指导与被指导关系，主要是就村务而言，即一个村在处理本村公共事务和公益事业方面，村委会应真正发挥基层群众自治组织的功能，乡镇政府只能起一定的指导作用，无权干涉。但现实中存在着大量乡镇政府侵权行为。因此，有必要提供完善的《村民委员会组织法》执行制度，使村民可以越级反映，由更高一级政府或人大依法遏止乡镇政府的侵权行为。但如果超出一个村的范围，涉及全乡、全县乃至全国的事务，村委会就必须协助乡镇政府去完成。当村委会不履行这种义务，乡镇政府则可以根据情况给以行政处罚，直至最后提请村民会议给以罢免，重选村委会成员。当乡镇政府与村民会议因整体利益和局部利益矛盾而产生冲突时，则必须根据有关法律制止这种狭隘地方主义，强制推行国家政策，由上级权力机关决定是否对这个村庄进行一段时间的接管或采取经济手段对其进行一段时间的制裁。
村民自治是一种明智的、低成本的制度选择。它既可以使农村的政治改革与经济改革配套进行，又能够降低政府对农村地区的管理成本。只要沿着村民自治这一初始的制度路径，通过党、国家和人民的共同努力，不断根据实际变迁进行制度创新，逐步克服目前村民自治发展中面临的制度短缺困难，赋予村民自治源源不断的制度支持，不仅是体制的设置，而且主要的是操作性的制度安排，终将使中国农村目前的非均衡政治走向均衡的民主政治。
