可以说，自由和人的历史一样长久。当人从动物界脱胎出来，有了关于自身的意识，自由就出现于人性之中，成为人性的一种基本取向。在人的自由不断扩展的历史进展中，也包括了人对自由的意识和反思。这种意识和反思往往基于人与动物的异质性设定。人假定动物是没有自由的，因为动物只是按照本能活动，所谓本能，是一种与生俱来的固定化的活动程序或生存习性，即使这种程序和习性不是大自然一次性给定的，在遗传的同时也有变异，但这种变异毕竟以数百年甚至数千年为单位，且仍然跳不出自然选择的范畴。因而，我们常说，人之外的动物不存在自由。
其实，从一定意义上讲，生命的出现本身就意味着自由的萌生。当非生命物质经过极其缓慢和复杂的物理化学过程，演化出最简单的生命，一种具有能动性和内在目的性的生物演化过程就开始了：
第一，凡生命都能进行新陈代谢，从环境中吸取自己生存所需要的物质和能量，排放出对生存无用或有害的东西；第二，凡生命都能进行繁殖，无论生命是无性的还是有性的，都能繁殖后代，形成物种的延续；第三，生命的繁殖是遗传与变异的统一，生命能够借助自然选择把发生的有利变化传递下去，使生命机体不断地演化或进化，特别是随着性别的分化即有性选择，生命个体的形态和功能变得越来越具有差异性、灵活性和系统性，生命个体及其所属种类的自组织、自调节能力越来越强、活动空间越来越大。生物的演化一旦发展出神经系统特别是中枢神经系统，生物对外部刺激的反应就不再止于简单的条件反射，而能够通过对各种剌激的整理和分析，给予恰当的判断，在对自身发出指令的同时，也在同类之间传达信号，从而做出最有利于自身及其群体的选择。生物就是通过这种合目的性的活动，在充满天敌和危险的大自然中趋利避害，实现适应外部环境和延续种群生命的任务的。所以，在生物特别是高等动物那里，普遍地存在着康德所说的“无目的的合目的性”，拥有中枢神经的灵长类动物甚至产生了包含信赖、情绪、意志和认知因素在内的意识的萌芽，人类的爱、自由与平等，在灵长类动物那里都露出了端倪。
因而，基于“目的”概念的选择论，比外在的因果决定论更容易合理地说明生物的行为。经验和相关试验也告诉我们，高等动物都有相当高的辩识能力和一定的纠错能力，并且，不要说动物正常的需要得不到满足会感到痛苦，即使限制它们的活动范围或生存空间，它们也会感到极度的不舒适。就此而言，可以说动物的本性也趋向自主和自由，这种自主和自由，既是它们作为群体相对于环境而言的，也是它们作为个体相对于群体而言的。换言之，生物的自主和自由，不仅属于群体，也属于个体。
当然，由于在动物那里处于萌芽状态的意识和智力未能获得长足的发展，未能在自然选择中形成第二信号系统即语言符号系统，所以动物很难形成清晰的意识特别是自我意识，其活动的合目的性也不能提升为自觉的目的。这样，生物在自身和环境之间、在个体与群体之间的关系，就突破不了属于自然选择的固定的模式。从总体上看，生物是以种群为单位生存的，同一种群的个体之间的差异如性别、长幼和强弱的差异，对于种群的生存来说，固然十分重要，但这些差异都属于自在的生物学范畴，不具有自为的个体意义和社会意义，因为这些差异不是在有意识的关联和比较中呈现出来的区分。在原则上，生物个体是可以相互置换或取代的，它们都没有真正属于自己的个体性，没有属于自己的独立意志，没有“自我”和“他者”的意识，因而，它们之间的竞争与合作，本能地体现着种群整体生存的目的性，却不可能主动地把自己或其他个体作为对象，实现自己的意志或贡献自己的力量。因而，如果说动物有某种自由，那么，这种自由还是自在的、本能的，自由即自在，即本能。因而，动物的这种自由还不是我们所称许的自由，但它无疑为人的自由的形成提供了生物学前提。
人从动物界的诞生，是在特定自然环境的选择压力下，不断改变原来本能的活动方式的结果。这种改变当然是一个复杂而漫长的过程，人们至今对它的认识仍然相当有限。大略言之，从树上下到地面活动的人类的远祖，是随着前后肢功能的分化，灵活性和能动性越来越强，相互之间的分工与协作的程度不断提高，而进入到简单的社会性劳动的；简单的劳动又剌激并推动人类个体大脑神经元不断丰富，脑容量不断扩展，终于使得原来处于萌芽状态的意识和智力，发生了质的变化，发展出越来越具有清晰性的意识和语言，人类作为具有自我指认和自我反省能力，并因而具有类的普遍性和个体特殊性的生物就宣告诞生了。人的意识和语言的出现，既意味着人类内部的分化和交往在人的生存中获得独立意义，又反转来促使人类不断地提高社会化与个体化的程度，尤其是基于性别、年龄和技能的劳动分工的发展，以及基于氏族内部乱伦禁忌所逐渐形成的亲属关系，使得每个人在承担特定的劳动任务的同时，也被赋予特定的生理-伦理身份，人们相互之间于是有了不可随意混淆和替代的功能性差异，这种差异本身意味着彼此的关联和在关联中的区分，即每个人只有通过与其他人的合作与分工才能确定自身的特殊规定，在与其他人的共同生存中获得生存的个体性，人们由此形成“我们”的集体意识和“我”的个体意识，即形成普遍的群体认同和特殊的个体认同。个人既充当群体生存的中介环节，又是群体赖以构成的个体单元。这样，人的生命活动也就越来越成为以“我们”和“我”的生存为指向的意向性活动，也就是从自身出发的自由的活动，生物无目的的合目的性终于成为人有意识的“目的”，人的意志“自由”也成为目的的重要条件甚至成为目的本身。
