把愚民归于《商君书》正是这种误导的结果。
确实，商鞅非常明确地提出要让民“愚”。这里的关键在于商鞅的愚民是何意？针对谁？是否反智？反什么智？商鞅是否只有愚民？
“愚”这个概念，老孔商三家都有，但里面的含义差别很大，并不都是我们今天意义内的愚昧无知、傻笨蠢呆痴、百依百顺的奴才之意。
老子之愚是褒义词，是纯朴自然原真不失本之意，得道者才会愚，不失道才会有愚，老子曾以我愚人之心也自谓，也指出“古之有道者，非以明民，将以愚之”（老子20、65）。老子把道法自然视为最高的智慧，人应学习顺应和效仿天道，以天道事人道，这种智慧就是“愚”，也即大智若愚。 批判老子的人也多喜欢攻击老子制造愚民政策，其实完全是风马牛不相及。 我等这类欲望多多的芸芸众生，还不配老子之“愚”。
孔子的“唯上智与下愚不移”（阳货）之愚，则指的是困而不学之人，上中下的下等智力的人，具有愚笨愚蠢之贬义，与我们今天意义上的愚有类似。但说孔子有愚民思想，也是歪曲孔子原意，孔子一生目标，正是要通过诗书礼乐易春秋的文明教化，化育人品，培养人格，使人脱俗脱愚，养成君子。
商子的“愚”有三种不同内含：
第一种愚，是不读书不学问，没有文化的人，它的对立面是好礼乐诗书教化的儒生，所谓六虱亡国、国有十二者则亡，就是说的儒生，愚，就是让人不贵学、不知、不好学问（主要是不学儒家）、不擅游。这的确是让人愚昧无知，是商子的思想的糟粕，应该批判。但因此说商子反智就似是而非，不准确，因为智知，并非儒家独有，它主要是反儒，对法学、农家、兵家之智知，商鞅不但不反，而且大力提倡，并以法为学，以吏为师。商鞅也不绝对反对贤义德信等，他反的是儒家仁义德信，主张的是法家的贤义德信，认为德生于刑，以刑去刑才能使至德复立，指出义者，法者之行，法可在贤等，并把信与法权并立为治国的三大法宝之一，变法也是以南门徏木取信于民的喜剧开场的。
第二，商鞅之“愚民”带有纯朴、务本（农）之意，针对的重点，是秦国大量的“不愚之民”。秦国是当时文化落后的野蛮之国，没有几个读书人，不少是带有戎翟野蛮习气之民，商子说的“五民”（实际上有十多种）就是指这些人，这些人与愚民一样，不学问不读
书不学四书五经，但不同之处在于这些人比愚民更愚，他们不务农不劳动，是一些褊急之民、狠刚之民、怠惰之民、费资之民、巧佞之民、花言巧语游手好闲之民、蛊惑之民、邪僻之民。因此，让这些“不愚之民”，从不劳动之民，成为务农务本的“愚”民，虽有为统治者出谋之意，但也含有开明进化之意，不能完全否定；
第三，商鞅之“愚民”，与“弱民”、“强民”、“制民”等概念，都与是否守法相关，守法即是愚民弱民，不守法就是强民。守法的“愚民”并非是今天我们说的那种唯官是从的奴才，愚民一方面在守法，另一方面也能依法自治，避祸就福，与官吏矛盾时，他们依法抗争，让吏不得非法挠民。
所以，商鞅的“愚民”，第一种是我们今天应该批判的，第二三种在当时的秦国则有一定合理性进步性，不能一概而论。所以，愚民该批，也看你站在什么立场。
同时，商鞅的思想也并非全是愚民，也有启蒙进化含义。
商鞅批儒家是极端的，但另一方面他的变法也有开启文明之蒙的社会改革的内容，就是移风易俗，使秦民知男女之别、男子成年分立，改变父子兄弟共妻等落后习气。
更重要的是，商鞅是中国历史上最大的政治启蒙家。中国政治最大的蒙昧，是人治、权治、君主不受约束的独裁专制。商鞅的法治改革是中国历史上第一次比较彻底也比较成功的以法治国实践，实际上也是中国历史上唯一的一次大规模的政治启蒙，打破了人治、权治、君治的蒙昧，主要内容有四点：
1商鞅打破了君主专制独裁之蒙昧，第一次对君权进行了约束，提出为天为位天下，为天下治天下，君主不得以私害公，应带头守法，不中法不行不言不听，提出治不听君、一切缘法而治，并在政治制度设计上对君权进行约束：君主虽独有立法权，但立法应该以强国、利民、因循国情民情为原则，不得随意立法；刑赏断于民心；君主有人事任命权，但不是君主随意任命官吏，只能论功依法任命，人事权被虚化；君主的行政权，下放到各级长官，国事断家王，断官弱，断君亡，行政权被虚化；君主有司法权，但司法权由君主任命的各级法官法吏独立行使，司法权被虚化。已经具有了初步的分权治理的框架；在实践中，商鞅对违法的秦孝公的太子、兄长、秘书长等最亲近的人进行了制裁，实际上也是把君权装进法治笼子的一种尝试；在商鞅的法治中，君主只是实行法治的工具，而不是法治的目的。
2商鞅打破了贵族世袭的政治蒙昧，以事功主义开启平民政治、上下流动、机会平等、能力平等的大门，军功（武爵武任）、粮功（粟爵粟任）、政功（常官者迁，依法治理有功的官员应升迁）、告功（下级官员监督揭发上级官员违法有功者可代其职）等，使得下层的平民百姓普通士兵获得了凭本事、凭业绩升迁进入国家政治上层的机会；这比后来儒家开启的凭六经考试成绩获得进入上层机会的办法，通道更广泛更有用更直接；
