1929年12月28日至29日，红四军第九次党的代表大会在福建上杭县古田村召开，即著名的古田会议。古田会议总结了红四军成立以来军队建设方面的经验教训，确立了人民军队建设的基本原则，规定了红军的性质、宗旨和任务，重申了党对红军实行绝对领导的原则，反对以任何借口削弱党对红军的领导，必须使党成为军队中的坚强领导和团结核心。解决了如何把一支以农民为主要成分的军队建设成为党领导的新型人民军队的问题。古田会议是中国共产党和人民军队建设史上重要的里程碑。
1928年4月，毛泽东率领的工农革命军与朱德、陈毅率领的湘南起义部队在井冈山胜利会师，合编为工农革命军第四军，5月改编为中国工农红军第四军，简称红四军，朱德任军长，毛泽东任党代表，陈毅任政治部主任。11月，红四军前敌委员会成立，毛泽东任书记。
当时，直接领导红四军的有三个党的组织机构：湖南省委前委、湘赣边界特委、红四军军委。红四军军委先后由陈毅、朱德担任书记，毛泽东兼任湖南省委前委、湘赣边界特委书记，不仅领导军队，还负有领导地方党的责任。前委、军委机构“叠床架屋”，前委随军行动，又无大量地方工作可做，敌情尖锐复杂。1929年2月3日的罗福嶂会议上大家一致通过决议，决定减少指挥层次，军委机关“暂停办公”，改为军政治部，军队行动由前委直接指挥，政治部主任一职由前委书记兼红四军党代表毛泽东兼任。
井冈山会师后诞生的红四军威震四方，但毕竟是一支成分复杂的部队，要想把这只部队煅造成一支真正的革命队伍，绝非一日之功，必须经历一段痛苦的、曲折的磨合过程。红军长期处于分散的农村游击战争的环境，主要成分是农民和其他小资产阶级，各种非无产阶级思想主要是小资产阶级思想，经常大量反映到红军队伍中来。红军的官兵有相当一部分来自旧军队，有的不惜抛弃高官厚禄。他们在革命斗争中忠诚于党，忠诚于人民，作战英勇顽强，堪称模范，但也不自觉地带有旧军人的种种观念。在军队中实行民主制度时，产生了极端民主化的倾向。部分官兵不习惯做创建革命根据地的艰苦工作，不习惯党对军事工作的领导原则和民主集中制原则，不习惯政治工作地位的提高。
一些人认为毛泽东强调党对红军的领导，实行集权制，是搞家长制；认为政治部妨碍了司令部的工作，是“卖狗皮膏药”的；认为军事高于一切，提出“司令部对外”的口号，表现出严重的单纯军事观点；不赞成红军宣传和组织群众，创建革命根据地，热衷于攻打城市，主张“走州过府”，四处游击。红四军党内对组织发动群众、创建革命根据地、党的领导原则、政治工作的作用和地位等一些原则问题，产生了不同认识，存在着严重的分歧。
在建军问题上，朱德、陈毅和红五军的彭德怀（兼红四军副军长）都做过不懈的努力与探索。但相较而言，毛泽东的眼光远大，因而贡献也大，他从政治制度、政治路线和建军思想的高度出发，“保证党在军队中的绝对领导地位”。从总体上来说，朱德对毛泽东的主张，并无根本抵触，但在具体措施上则不尽一致。比如，“党的绝对领导”是不是就是“党管理一切”？军队是打仗为主，还是建设根据地为主？党内军内的民主以什么方式去实现？诸如此类等等。毛泽东集党政军权于一身，其家长制作风引起朱德等军事首长的强烈不满，几位主要领导人在实行民主集中方面进行了激烈的争论。这就是所谓的“朱毛之争”。陈毅是朱德和毛泽东的“中间派”。
1929年4月3日，毛泽东离开长汀到达瑞金与彭德怀的红五军会合时，收到了中共中央2月7日发出的“二月来信”。信中对在农村割据中红四军的前程较为悲观，要求红四军在大敌当前时分散成小股游击队，转入民间。而对毛泽东和朱德的去向，中央则指令要求“毅然地脱离部队速来中央……”
毛泽东气呼呼地说：“瞎搞，不切实际的指挥。这是要把这支部队葬送掉”“我不离开！拿轿子抬我也不走！”。毛泽东以红四军前委的名义复信中共中央，批评中央的“二月来信”对客观形势及主观力量的估计“都太悲观”，“是一种不切实际的想法”。朱德虽然对二月来信也不满意，对毛泽东对待中央来信这种态度也很不赞成。
1929年5月初，刘安恭从苏联回国，携带了中共“六大”文件，以中央特派员身份来到红四军，并接替了毛泽东的政治部主任一职。在刘安恭和朱德的提议下，红四军又成立了临时军委。5月底，在湖雷召开的前委会议上，就红四军内是否仍要设立军委的问题发生争论。一种意见认为，“既名四军，就要有军委”，指责前委“管的太多”，“权力太集中”，是“书记专政”，有“家长制”倾向。另一种意见则认为“军队指挥需要集中而敏捷”，由于战斗频繁和部队经常转移，由前委直接领导和指挥更有利于作战，不必设立重叠的机构，并批评在前委之下、纵委之上硬要成立军委，实际上是“分权主义”。
由于意见争论未能统一，前委书记难以继续工作。6月8日，在白砂召开的前委扩大会议上，毛泽东提出辞呈，陈毅被大家推举代理前委书记，这是陈毅所未料到的结果，也是毛泽东未曾想到的。会后陈毅负责筹备红四军“七大”。
6月22日，在龙岩城召开了红四军第七次党的代表大会。会议以压倒多数票通过了取消临时军委的决定，通过了由陈毅起草的“七大”决议案。这份决议案或许是出于停止争论、加强团结的愿望，“毛泽东同志予以严重警告，朱德同志予以书面警告”，“至于朱、毛去留问题，由中央处置。在中央未作决定以前，仍留任前委委员”。
这是毛泽东一生中唯一的一次自下而上的落选。虽仍为前委委员，但落选了中央任命的前委书记。作为红四军的缔造者和最高指挥者，失去了指挥权，这对毛泽东来说，无疑是当头一棒。会后，毛泽东大病一场，带着已有三个月身孕的妻子贺子珍等一行6人黯然离开红四军，以红四军前委特派员身分到闽西特委指导地方工作。
红四军“七大”结束了，但红四军的问题并没有真正解决，反而更加严峻了。在出击闽中和冒进东江中连吃败仗，议论又起，军心涣散，许多人甚至提出离开部队到地方工作的要求，红四军陷入了严重的危机之中。时任前委代书记的朱德极力想解决问题统一思想，于9月下旬在上杭召开了红四军“八大”，想借此整顿部队，加强建设，以利于工作和战斗。但“八大”只是“无组织状态的开了三天”，对一切问题仍“毫无结果”。
此时，朱德和许多同志一样，已从实践中认识到毛泽东所坚持的政治原则的可贵，红四军的工作的的确确离不开毛泽东，确立政治上的领导中心也离不开毛泽东。就在会议期间，有许多支部提议请毛泽东回来重新主持前委工作，朱德当即表示同意和支持，并由郭化若起草了一封信请毛泽东回来复职和出席“八大”。然而，毛泽东却回信反对敷衍调和、模棱两可的“陈毅主义”，并表示：红四军党内是非不解决，不能随便回来；再者身体不好，就不参加“八大”了。
在前委坚持下，毛泽东抱病坐担架赶来参加“八大”。不过当他到达时，会议已结束了。此后，朱德为毛泽东找到了上杭最好的住所──上杭临江楼，让他安心养病。经过贺子珍的仔细照料和当地名医吴修山的精心治疗，毛泽东的病情明显好转。
周恩来于6月收到毛泽东对“二月来信”的复信后，不仅没有像大多数人一样认为毛泽东是在与中央对着干，相反他认为毛泽东的批评不无道理。作为当时中共党内最高军事首脑，周恩来所表现出来的这种民主作风是非常难能可贵的。在6月12日的中央政治局会议上，周恩来站在中央的角度作了自我批评，他表示，“二月来信”中分散红军等说法“是有些毛病的”，共产国际代表布哈林在中央“六大”分散红军的主张，是不知道中国的条件，中央应坚决改变分散红军的原则。
7月中旬，陈毅奉命离开红四军，经厦门、香港辗转到上海参加中央政治局召集的军事会议，8月下旬，向中央政治局做了忠实的汇报。中央决定由周恩来、李立三、陈毅3人组成专门委员会，深入研究讨论红四军的问题。经过1个月的讨论。最后，周恩来委托陈毅代中央执笔起草一封给红四军前委的指示信，即著名的“九月来信”。信中肯定了红四军建立以来所取得的成绩和经验，要求红四军前委和全体干部战士维护朱德、毛泽东的领导，明确指出毛泽东“应仍为前委书记”。并对朱德、毛泽东二人都作了恰当的批评，同时决定朱、毛两同志仍留前委工作。
在和陈毅面谈中，周恩来又谆谆嘱咐陈毅，回去后，把毛泽东请回来，继续主持前委工作；召开一次会议，澄清思想，分清是非，统一认识，最好能做出一个文字决议，使大家有章可循，按规定办事。陈毅对周恩来心悦诚服。他怀揣“九月来信”和周恩来代表党中央的口头指示回到红四军，看到毛泽东给红四军“八大”写的“打倒陈毅主义”的信时没有半点委屈，而且还诚恳地承认和检讨自己的错误。朱德也十分诚恳地表示：“过去的那些我收回，我们请他（毛泽东）回来。”并和陈毅联名给毛泽东写信，正式表达了他的诚意。
周恩来出色的调解能力在这场攸关中国革命前途的过程中也起到了化解作用，毛泽东对周恩来也非常佩服，在接到陈毅的信和中央指示后，顿时尽释前嫌。尚未痊愈的毛泽东于11月26日心情舒畅地来到前委所在地汀州。11月28日，毛泽东欣然给中央写报告说：“我病已好，遵照中央指示，在前委工作。”毛泽东、朱德、陈毅三位革命巨人重新握手言欢了，完全遵照中央和周恩来“召开一次会议”、“有一个文字决议”的意见，于12月28日和29日在上杭古田举行红四军第九次代表大会。在会上，毛泽东做了政治报告，朱德做了军事报告，陈毅传达了中共中央的指示。并形成了著名的《古田会议决议案》。经过大会选举，毛泽东重新当选为前委书记。
在解决“朱毛之争”的过程中，周恩来充分显示了调解矛盾的能力。他在处理“朱毛之争”时，不是改组，也不是改换领导人，而是一再强调要加强前委的领导，维护毛泽东、朱德的领导威信；尽管周恩来作为朱德的入党介绍人，在当时与朱德的个人关系无疑更亲近一些，但对毛泽东与朱德之间的纠纷，他不偏袒任何一方。
根据中央九月来信的精神，12月28日至29日，红四军党的第九次代表大会在福建上杭县古田村召开。会上，毛泽东作政治报告，朱德作军事报告，陈毅传达中央九月来信。会议选举毛泽东、朱德、陈毅、罗荣桓、林彪、伍中豪、谭震林等11人为中共红四军前委委员，毛泽东重新当选为书记。
