新《企业所得税法》秉承“法人纳税”的基本原则和国际惯例，取消了原内资企业所得税中以“独立经济核算”为标准确定纳税人的做法，规定居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的，应当汇总计算并缴纳企业所得税。
日前，由财政部、国家税务总局、中国人民银行发布的《跨省市总分机构企业所得税分配及预算管理暂行办法》，明确了跨省市总分机构企业所得税分配方法和适用范围。《办法》规定，从今年1月1日起，属于中央与地方共享收入范围的跨省市总分机构企业缴纳的企业所得税，按照统一规范、兼顾总机构和分支机构所在地利益的原则，实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的处理办法，总分机构统一计算的当期应纳税额的地方分享部分，25％由总机构所在地分享，50％由各分支机构所在地分享，25％按一定比例在各地之间进行分配。《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法》规定了总分机构企业所得税的征管办法，基本要点的具体内容：

一、适用范围：
在中国境内跨省、自治区、直辖市、计划单列市设立不具有法人资格的营业机构、场所的居民企业。
二、适用的主体：
1.总机构；
2.二级分支机构，具有主体生产经营职能的二级分支机构；
3.职能部门，有生产经营收入、独立核算工资、资产总额的职能部门。

三、无需就地预缴所得税的情况
1、总机构设立具有独立生产经营职能部门，具有独立生产经营职能部门与管理职能部门的经营收入、职工工资和资产总额不能分开核算的，具有独立生产经营职能的部门不得视同一个分支机构，不就地预缴企业所得税。
2、不具有主体生产经营职能，且在当地不缴纳增值税、营业税的产品售后服务、内部研发、仓储等企业内部辅助性的二级及以下分支机构，不就地预缴企业所得税。
3、上年度认定为小型微利企业的，其分支机构不就地预缴企业所得税。
4、新设立的分支机构，设立当年不就地预缴企业所得税。
5、企业在中国境外设立的不具有法人资格的营业机构，不就地预缴企业所得税。
四、预缴额比例的考虑因素

企业在计算分期预缴的所得税时，其实际利润额、应纳税额及分摊因素数额，均不包括其在中国境外设立的营业机构；总机构和分支机构处于不同税率地区的，先由总机构统一计算全部应纳税所得额，然后依照分支机构的经营收入、职工工资和资产总额三个因素计算各分支机构应分摊所得税款的比例，计算划分不同税率地区机构的应纳税所得额后，再分别按总机构和分支机构所在地的适用税率计算应纳税额；总机构和分支机构2007年及以前年度按独立纳税人计缴所得税尚未弥补完的亏损，允许在法定剩余年限内继续弥补。

按实际利润额预缴有困难的，经总机构所在地主管税务机关认可，可以按照上一年度应纳税所得额的1/12或1/4，由总机构、分支机构就地预缴企业所得税。预缴方式一经确定，当年度不得变更。总机构和分支机构应分期预缴的企业所得税，50%在各分支机构间分摊预缴，50%由总机构预缴。

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