企业所得税法规定：企业为投资者或者职工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，在国务院财政、税务主管部门规定的范围和标准内，准予扣除。
那国务院财政、税务主管部门对此是如何规定的呢？
《企业财务通则》第四十三条规定，已参加基本医疗、基本养老保险的企业，具有持续盈利能力和支付能力的，可以为职工建立补充医疗保险和补充养老保险，所需费用按照省级以上人民政府规定的比例从成本（费用）中提取。超出规定比例的部分，由职工个人负担。
财政部《关于企业新旧财务制度衔接有关问题的通知》（财企〔2008〕34号）规定：补充养老保险的企业缴费总额在工资总额4％以内的部分，从成本(费用)中列支。企业缴费总额超出规定比例的部分，不得由企业负担，企业应当从职工个人工资中扣缴。个人缴费全部由个人负担，企业不得提供任何形式的资助。 以前提取的应付福利费有结余的，提取的补充养老保险暂不按《企业会计准则第9号——职工薪酬》第五条规定执行，即企业为职工缴纳的各种保险，在职工为企业提供服务的会计期间，根据受益对象，将应付的职工薪酬确认为负债，全部计入资产成本或当期费用。而是先将应付福利费结余冲平，冲平后再按《企业会计准则第9号———职工薪酬》第五条规定处理。
那么，职工得到的补充保险是否要缴纳个人所得税呢？《财政部、国家税务总局关于个人所得税有关问题的批复》（财税[2005]94号）规定：“单位为职工个人购买商业性补充养老保险等，在办理投保手续时应作为个人所得税的“工资、薪金所得”项目，按税法规定缴纳个人所得税。”。企业年金符合以上规定，无论是企业还是个人缴付的补充养老保险即企业年金，都要全额并入个人当期的工资、薪金收入，计征个人所得税。自然，按照规定，单位在分配到个人账户时应当履行代扣代缴义务。
比如：某上市公司，具有持续盈利能力和支付能力的，经申请，政府有关部门批准其2008年按工资总额4％为职工建立补充医疗保险和补充养老保险。2008年度共支出该保险金120万元。其福利费以前年度结余42万元。那么，该企业先使用结余的42万元，剩余的78万元列入当期的成本费用。但应注意，该支出应在投保的当期，如实分解到每个员工，并入员工当期的工资薪金所得税，代扣代缴个人所得税。
通过上述规定可以看出，国家对建立补充养老机制，还只有所得税上有优惠，且该优惠，在新所得税法下，已失去意义，因为新法已允许发放的工资全额扣除。
