总体而言，对冲基金投资策略的思想分为以下几大类：多/空策略、套利策略、事件驱动策略以及走势策略。分别介绍如下：
(一)多/空策略
多/空策略来源于对冲基金创始人AlfredWinslowJones。尽管它年代久远，却还是今天应用最广泛的对冲基金投资策略之一。而且，它还可衍生出更为专业化的对冲基金投资策略，例如它是套利策略的基础。
多/空策略的基本思想是将基金部分资产买入股票，部分资产卖空股票。买入股票的多头资产金额经其b系数(衡量股票与市场相关度的系数)调整后形成多头头寸，卖空股票的空头资产金额经其b系数调整后形成空头头寸，多头头寸与空头头寸的差形成全体基金资产的市场头寸。该市场头寸可为多头、空头或是零，从而调节基金面临的市场风险。当市场头寸为零时，多/空策略成为市场中立策略，此时基金的收益与市场波动完全无关。通过调整市场头寸，或进一步调整组合中股票的种类，可以调节组合所面临的风险程度以及风险种类。
需要注意，简单的资产对冲并不能消除市场风险。例如，如果我们买多房地产股票并卖空同样资金的医药股票，该组合的市场头寸并非为零，其收益率将同时受房地产板块和医药坂块的影响，由于这两个板块与市场的相关度不一样，其对冲结果将不能使组合消除市场风险。在计算组合的市场头寸时，一定要注意资产与市场的关系即b系数。只有当组合的综合b系数为零时，组合才是市场中立。此外，由于股票的b系数是不断变化的，要维持组合的b系数不变需要不断监测市场并对组合进行动态调整。
对冲是一把双刃剑。当基金面临的市场风险减小时，基金所能享受的股票市场长期向上趋势所带来的增值潜力也减小了。除了对冲掉市场风险，我们还可以将基金的其他风险对冲掉，例如基金面临的汇率风险、利率风险、某一行业风险等。每当一种风险被对冲掉时，基金经理利用该风险因素来为基金增值的可能性也没有了。理论上讲，一个完全对冲的基金的收益率应该是无风险收益率减去交易成本。因此，在实践中，基金经理不会把基金的所有风险因素都对冲掉，而只是将自己不能把握的风险因素对冲掉，而留下自己有把握的风险因素，在这些风险因素上进行投资决策以获取超额收益。例如，多/空策略就是将基金经理认为自己不能把握的市场时机风险对冲掉，而只留下基金经理有把握的股票筛选风险来为基金增值。经典的“pairtrading”，即在同一市场、同一行业中选择两支产品、管理、股本结构等各方面都非常近似的股票，在买多一支股票的同时卖空另一支股票，这样的组合将市场风险、行业风险都对冲掉，只留下两支股票的个股风险。
在交易方面，多/空策略的交易头寸比单纯的买多、卖空策略要大，因而会带来更大的交易费用。尤其是，多/空头寸会随着其股价涨跌而不断变化，多/空头寸的b系数也不断变化，从而需要不断动态调整以维持基金的市场头寸，这会带来持续不断的交易成本，而且在市场剧变时还有可能因为交易无法及时进行而使基金的市场头寸与预期产生较大的偏差，从而带来额外的损失。
(二)套利策略
在对冲基金中，“套利”指对两类相关资产同时进行买入、卖出的反向交易以获取价差，在交易中一些风险因素被对冲掉，留下的风险因素则是基金超额收益的来源。如果看错了这些风险因素的走向，就可能给基金带来损失。一些常用的对冲基金套利策略简介如下：
可转债套利。可转债，即在一定条件下可转换为普通股的债券，其内含价值包括两部分，一部分是其债券价值，一部分是其可转换为普通股的买入期权价值。当一张可转债发行时，其票面值、票面利率、债券到期期限、转换率都已确定，影响可转债价值的不确定因素只有其可转换股票的股价、股价波动率及无风险利率这三个因素，而其中对可转债价值影响最大的是其可转换股票的股价。
当可转债价格被市场低估时，由于影响其价值最大的因素是其可转换股票的股价，对冲基金采用“买多可转债/卖空其对应股票”的策略可获得风险很低的与股价变动无关的稳定回报。该策略的关键是找出可转债与股票二者价格的相关系数，该系数Delta可表示为“可转债价格变动/(股价变动*转换率)”，即股价每变动1元，可转债价格相应变动。例如，如果Delta为0.8，转换率为10，则股价每增加或减少1元，则每张可转债的价格将随之增加或减少8元。此时，一个“买多1张可转债/卖空8股股票”的对冲组合的价值将保持一个恒定数，不因股价变化而变化。
这样的对冲组合将提供以下收益：(1)低估的可转债到期时，其价值必然回归到其理论价值，为投资组合带来升值;(2)可转债作为债券，在到期前有稳定的债券利息支付;(3)卖空股票所带来的现金头寸也有稳定的利息收入。
此外，股价的大幅波动还会为对冲组合带来额外的收入。由于债券的凸性，Delta在股价升高时会变大，而在股价降低时会变小，因此当股价大幅升高时，可转债的价值会升得更快，而当股价大幅下跌时，可转债的价值却会跌得更慢，从而使投资组合的整体价值最后得到了提升。
当然，这样的对冲组合并非零风险，因为它没有对冲掉利率风险、债券的信用风险、提前偿还风险、突发事件风险等。
封闭式基金套利。封闭式基金交易价与其单位净值间有溢价或折价。当基金交易价格低于基金单位净值时，通过“买多封闭式基金/卖空基金持有的资产组合”即可获得风险很低的套利。当基金交易价格高于基金单位净值时，同理反向操作即可。该策略曾为某些投资者通过在香港市场卖空中国股票而在内地买多封闭式基金的方式应用于我国证券市场，并收益良好。
封闭式基金套利策略需要随着封闭式基金的投资组合的变化不断更新对冲组合，但由于封闭式基金的组合信息只是定期公布，这给套利组合的动态平衡带来很大的困难，从而也加大了对冲套利的风险。
股票指数套利。股票指数套利基金通过对股票指数期货及其对应的一篮子证券进行对冲而获利。在指数宣布修改其成份股时，也会出现套利机会。经典的套利操作是买多将被加入指数的股票同时卖空指数以对冲掉市场风险，这是因为很多指数基金为了跟踪指数，在宣布修改指数成份股时并不能买入将被加入的股票，而要等到指数修改生效的那个交易日才一致买入被加入的股票，这样会使被加入的股票在被加入指数的当天股价被高估。
同样，通过卖空被剔除的股票并买多指数也可以套利。这些套利都需要精确计算股票与指数间的相关系数并动态平衡对冲组合，同时还要承受其他未被对冲掉的个股风险，如果最终股票的高估或低估程度并不大，套利收益可能会低于交易成本。
统计套利基金。统计套利基金又称数量化套利基金、相对价值套利基金，它们利用数学模型来搜索股票、债券、期权、期货等各种证券之间系统的或偶然的价格不均衡并从中对冲交易以获利。它们的投资策略都是市场中立的，即基金收益不受市场波动影响。由于数学模型检测到的价格不均衡的绝对值都会比较小，即对冲交易盈利值较小，为了加大基金的收益，统计套利基金普遍使用杠杆交易。
统计套利基金的数学模型都会利用历史数据进行检测并被证明在历史上是可行并可获利的，同时，在使用中还会根据市场情况定期对模型进行修正以保持模型的有效性。有时，市场急剧变化会使得过去成功的模型在新的市场情况下失效，从而导致基金投资损失。长期资本基金(LongTermCapitalManagement)破产就是一个著名的例子。长期资本基金利用模型检测全球各个固定收益证券市场的价格不均衡，一旦发现不均衡程度大于模型预测的限度，基金进行对冲交易以获利。在初建的几年，模型非常成功，基金净资产由1994年建立时的13亿美元增长到1998年的70多亿美元，期间从来没有发生过亏损。在1998年8月，在俄罗斯政府宣布卢布贬值并延期偿付其135亿美元的政府债券时，引发了全球固定收益证券市场的流动性问题。由于长期资本基金的模型没有考虑到市场的流动性问题，此时的市场流动性问题加上投资组合的过度杠杆交易给长期资本基金带来了巨额亏损并导致其破产。
因此，统计套利基金的风险控制非常关键，尤其是模型风险控制。